昆明长水机场目前只有1个航站楼，即T1航站楼，同时配套有S1卫星厅。所有国内和国际航班都从T1出发和到达，卫星厅通过捷运系统与主楼连接，主要用于远机位登机。
作为西南地区重要的航空枢纽，昆明长水机场几个航站楼的布局其实非常简洁。主航站楼T1呈“Y”字形设计，分为A、B、C三个指廊，其中A指廊主要服务国际及地区航班，B和C指廊负责国内航班。S1卫星厅位于主楼东侧，同样分为S1-S3三个区域，用于停靠需要远机位的大型客机或加密航班。旅客在值机、安检后，若登机口编号为“40”以上（如401-409），则需乘坐捷运列车前往卫星厅，车程约3分钟。
各航空公司在T1的分布较为清晰，可参考以下指南：中国东方航空（MU）及其旗下上海航空（FM）主要使用B指廊，值机区域在D岛和E岛；中国南方航空（CZ）集中在C指廊，值机在F岛；中国国际航空（CA）和深圳航空（ZH）共享B指廊部分区域，值机在C岛。四川航空（3U）、厦门航空（MF）、春秋航空（9C）等国内航司多在A指廊或C指廊，值机分布在A岛或B岛。国际及港澳台航班统一在A指廊，值机在H岛，由昆明机场地服代理的航司（如泰国国际航空、亚洲航空等）均在此办理。
对于中转旅客，T1的国内转国内流程相对顺畅，下机后沿“中转联程”指示牌直接进入候机区，无需再次安检。国内转国际或国际转国内则需先提取行李，再前往出发层重新值机。昆明长水机场几个航站楼的设置虽简单，但卫星厅的存在容易让首次到访的旅客困惑：如果登机牌显示“S1卫星厅”，务必在主楼完成安检后，预留至少20分钟前往卫星厅，因为捷运列车需排队候车，且卫星厅内餐饮商铺较少，建议提前在T1主楼解决用餐。
行李方面，T1的行李提取厅位于一楼到达层，分为国内区和国际区。国内到达的行李转盘编号1-12，国际到达为13-16。卫星厅到达的旅客需乘坐捷运返回主楼后再提取行李，流程与主楼一致。需要留意的是，昆明长水机场几个航站楼虽只有一个主楼，但卫星厅的步行距离较长，建议穿着舒适鞋子，尤其是前往远机位登机口时。
最后，若在机场内迷路，可查看电子屏或使用“昆明长水国际机场”官方小程序，实时查询登机口变更和捷运发车时间。T1主楼与卫星厅之间设有免费摆渡捷运，运营时间与航班同步，深夜航班也能正常使用。整体来说，昆明长水机场的航站楼布局对旅客友好，只要记住“主楼T1+卫星厅S1”这一核心结构，就能轻松找到登机口。
