昆明长水国际机场航站楼目前主要分为T1航站楼和S1卫星厅两部分，国内航班值机通常在T1出发层办理，国际航班则集中在T1的特定区域。乘坐国内航班的旅客，请先确认所购机票上的值机柜台编号，然后前往对应区域；国际航班旅客需提前到达T1出发层3号门附近办理手续。S1卫星厅主要承担部分国内航班，需通过T1的捷运系统前往，值机仍在T1完成。
昆明长水国际机场航站楼的设计以“人”字形布局展开，T1是主航站楼，承担绝大多数航班的值机、安检和登机功能。S1卫星厅作为T1的延伸，通过地下捷运列车连接，主要服务于部分国内航线，以缓解T1的客流压力。旅客在T1值机后，根据登机牌上的登机口信息，若登机口编号以“S”开头，则需在通过安检后，乘坐捷运前往S1卫星厅；若登机口编号为数字，则直接在T1内登机。
值机流程方面，建议旅客提前通过航空公司官网或手机APP办理在线值机，这样可以节省现场排队时间。到达昆明长水国际机场航站楼后，T1出发层共设有A、B、C、D、E、F六个值机岛。其中A岛和B岛主要服务中国东方航空、上海航空等天合联盟成员；C岛和D岛通常为中国南方航空、厦门航空等；E岛和F岛则涵盖其他航司及国际航班。具体值机柜台分布可能因航空公司调整而变动，建议出发前查看航班信息或询问现场工作人员。
对于首次到访的旅客，昆明长水国际机场航站楼内的引导标识清晰，中英文双语标注，且设有多个问讯柜台。从地铁或出租车抵达后，T1出发层位于二楼，到达层在一楼。若需办理行李托运，请确认航班是否支持自助托运设备，部分航司在T1值机岛旁设有自助托运机器，可快速完成。
国际航班旅客需特别注意，昆明长水国际机场航站楼的国际值机区域位于T1出发层的3号门和4号门附近，通常在航班起飞前3小时开始办理，起飞前1小时停止值机。建议国际旅客提前2.5至3小时到达机场，留足时间通过海关、边检和安检。
若旅客在S1卫星厅登机，需注意捷运系统运行时间与航班同步，但登机口关闭时间通常为起飞前15分钟，因此从T1安检口到S1登机口需预留约20分钟的通勤时间。昆明长水国际机场航站楼内商业设施丰富，T1出发层安检后区域设有免税店、餐饮和休息室，S1卫星厅内也有部分商铺，但选择相对较少。
最后，建议旅客出行前关注昆明长水国际机场官方公众号或APP，实时获取航站楼动态和航班变更信息。无论是国内还是国际航班，提前规划值机路线和登机口位置，都能让行程更加顺畅。
