菏泽目前只有一个民用运输机场，即菏泽牡丹机场，能执飞客运航班；其他如单县浮龙湖通用机场等属于通用航空机场，不承担民航客机运输任务。简单说，买票坐飞机去菏泽，目的地就是菏泽牡丹机场。
菏泽牡丹机场位于菏泽市定陶区孟海镇，2021年正式通航，是鲁西南地区重要的空中门户。目前开通了往返北京、上海、广州、深圳、成都、西安、杭州、厦门等主要城市的航线，航班量随季节和市场需求动态调整。机场航站楼面积不大，但流程简洁，从值机到登机通常比较顺畅，适合商务和旅游出行。
很多旅客在搜索“菏泽几个机场”时，往往会混淆运输机场和通用机场的概念。菏泽牡丹机场属于民航运输机场，具备完整的跑道、候机楼、空管和地勤保障设施，能起降波音737、空客A320等主流客机。而菏泽辖区内还有几处通用机场，比如单县浮龙湖通用机场，主要用于飞行培训、农林作业、应急救援、空中游览等低空飞行活动，不设定期客运航班，也不对公众出售机票。
如果计划从外地乘机前往菏泽，购票时认准“菏泽牡丹机场”即可。机场距离菏泽市区约25公里，落地后可选择机场大巴、出租车或网约车进市区，车程大约40分钟。自驾的话，机场连接菏泽市区的主要道路标识清晰，导航直接搜索“菏泽牡丹机场”就能到达。
需要特别提醒的是，部分在线旅游平台在显示菏泽航班时，可能会把通用机场的飞行体验项目（如直升机观光）也列出来，这些项目不具备民航运输资质，行李额度、延误保障和退改签规则与常规客票完全不同。预订前务必确认航班号以字母“MU”“SC”等开头，且机型为喷气式客机或支线涡桨客机，避免误订。
菏泽牡丹机场目前实行国内航班全流程电子化，支持身份证直刷过检，但春运、国庆等高峰时段仍建议提前90分钟到机场。机场内餐饮和零售店铺数量有限，如果对餐食有较高要求，可以在市区用餐后再出发。
总的来说，菏泽的民航客运资源集中在一个机场，即菏泽牡丹机场，功能定位明确，服务对象是普通旅客。通用机场则承担特殊任务，两者在跑道长度、空域管理、安检标准上都有本质区别。出行前理清这一点，能避免不少麻烦。如果航班时间不合适，也可以考虑飞往济南遥墙国际机场或郑州新郑国际机场，再换乘高铁或长途汽车前往菏泽，但综合时间成本通常不如直飞牡丹机场划算。
